Akdeniz Üniversitesi, Su Ürünleri Fakültesi, 12.08.1998 tarihli ve 98/11641 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile kurulmuştur.
2547 sayılı Yükseköğretim kanunun 2880 sayılı kanunla değişik 7/d-2 maddesi uyarınca Yükseköğretim Kurulunun Yürütme Kurulu Kararları ile Fakültemiz Bünyesinde 1999 yılında Su Ürünleri Temel Bilimleri Bölümü ve İçsular Biyolojisi Anabilim Dalı, 2000 yılında da Su Ürünleri Yetiştiriciliği, Su Ürünleri Avlama ve İşleme Teknolojisi Bölümleri ile Balıkçılık Temel Bilimleri, Deniz Biyolojisi, Yetiştiricilik, Hastalıklar, Avlama Teknolojisi ve İşleme Teknolojisi Anabilim Dalları kurulmuştur. Fakültemiz 2001 Eğitim-Öğretim yılında Su Ürünleri Mühendisliği Anabilim Dalında Yüksek Lisans , 2002-2003 Eğitim-Öğretim yılında  Lisans , 2005 yılında da Doktora öğretimine başlamıştır.

Fakültemizde Lisans programı, Su Ürünleri Alanında yeterlilik durumu dikkate alınarak hazırlanmakta, dersler teorik ve uygulamalı olartak verilmekte ve sekiz yarıyıl (4 yıl) süren lisans eğitiminden sonra öğrenciler yeterli bilgi donanımı ile  Su Ürünleri Mühendisi unvanıyla mezun olmaktadırlar.

Fakültemizde  5 laboratuvar, 2 adet yetiştiriclik laboratuvarı (70-150 litrelik toplam 40 tank), 1 Seminer Salonu  ve 1 Okuma Salonu bulunmaktadır. Fakültemizdeki bilimsel çalışmaların ve öğrenci uygulamalarının yürütülmesinde kullanılmak üzere 2007 yılı sonunda üniversitemize alınan 26.5 metre uzunluğundaki R/V AKDENİZ SU isimli araştırma gemisi ile fakülte araştırma ve uygulama imkanları artımıştır. Ayrıca Kumluca ilçesi, Çavuşköy Beldesinde Fakültemize tahsisi yapılan 6400 metrekarelik alanda Yetiştiricilik, Temel Bilimler ve Avcılık konularında araştırmaların ve uygulamalı eğitimin yürütülmesi amacıyla kurulacak olan birimin projelendirme çalışmaları devam etmektedir.

Su Ürünleri Mühendisliği alanında bilgi donanımlı, konularında uzman, yaratıcı ve girişimci bireyler yetiştirmek için nitelikli eğitim-öğretim  programları uygulamak ve etkin Araştırma ve Geliştirme (AR-GE) çalışmalarıyla sektöründe gereksinimlerini karşılayacak bilim ve teknolojiye dayalı araştırmalar yapmak ve bilgi üreten bir bölüm olmak.

• Sulak alanların korunması, biyoçeşitliliğinin belirlenmesi ve türlerin  devamlılığının sağlanması ile yetiştiriciliği yapılan su canlılarının biyolojik bilgilerinin kazanılmasına yönelik  ileri teknolojik donanımlı araştırma laboratuarlarının  oluşturulması,
• Deniz ve tatlısu balıkları ile  kabukluların yetiştiriciliğinde yeni teknolojik gelişmeleri uygulamak  ve  geliştirmek.  Su ürünleri  sektöründeki  üreticilerin  karşılaştıkları   sorunları çözmek, kültürü yapılabilecek yeni alternatif türleri ortaya çıkarmak ve yetiştirmek, ayrıca öğrencilerimizin  daha bilgili ve donanımlı olarak yetişebilmesine yönelik araştırma ve üretim birimlerinin kurulması,
• Avcılıkta kullanılan av araç ve gereçlerinin modernizasyonu, Avrupa Birliği (AB) Ortak Balıkçılık Politikası kapsamında ülke ve bölge balıkçılığının gelişmesine yönelik mevcut metotların güncellenmesi ve stokların korunmasına ilişkin araştırmaların yapılması ve bunlara ilişkin donanımın sağlanması,
• Fakülte öğrencilerine   ve    su ürünleri sektöründe çalışan personelin eğitimine yönelik hizmetlerin  verilmesi amacıyla ileri düzey  kriterlere uygun olarak tasarlanmış  bir su ürünleri işleme ünitesinin kurulmasının sağlanması.
• Çağın gereklerine uygun eğitim-öğretim ve araştırma faaliyetleri yapan, bilgiyi üreten, ürettiği bilgiyi bilimsel ve ekonomik yarara dönüştüren, çevreye duyarlı, ulusal bazda ilgili sektörlerle bütünleşebilen ve uluslararası konum kazanmış bir bölüm olmak, diğer Üniversitelerin ilgili bölümleri ile ve sektörle koordinasyon sağlayan bir denge oluşturmak.